手術前の準備が整い、麻酔が効いたら、いよいよレーシック手術です。イントラレーシックの手術は、眼を洗浄し、その後、点眼の麻酔薬で局所麻酔を行います。注射を使用した麻酔は行いません。次に、眼をを開いたままにするため、開瞼器でまぶたを開いて固定します。フラップを作成するために、イントラレースレーザーを角膜に照射します。器械を使ってフラップを作っていたレーシックとは異なり、イントラレーシックでは、フラップをより薄く、正確に作成できるようになりました。
作成したフラップを開き、そこにエキシマレーザーを照射します。緑の光を凝視するように医師から指示されます。この時に、動いてしまうと、乱視が出たりすることがあるので、動かないように注意します。レーザーの照射時間などにより、角膜の屈折力を調整し、矯正を行います。エキシマレーザーの照射時間は、20秒くらいで、人によって異なるようです。
次に、洗浄をします。余分な水分や異物が眼に残らないように洗浄、消毒が行われ、フラップを元の位置に戻します。このとき、大量の洗浄液や消毒液で洗浄や消毒をするので、驚く人もいます。フラップは、レーザーにより、切開面は滑らかで、フラップの縁は直角のため、位置がずれたり、しわになったりしにくい形状になっています。フラップはハケのような医療器具で戻され、形や位置を整えられます。フラップは自然に接着します。レーシック手術はこれで終了し、この後は、フラップが安定するまで、眼を閉じたまま安静にします。